Arrêt maladie longue durée : indemnisation et droits

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale

En arrêt maladie, le salarié perçoit des indemnités journalières (IJ) versées par la CPAM après un délai de carence de 3 jours. Le montant est de 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des 3 derniers mois de salaire (plafonnés à 1,8 SMIC). À compter du 31e jour d'arrêt, pour les assurés ayant 3 enfants ou plus à charge, le taux passe à 66,66 %. En 2025, l'indemnité journalière maximale est d'environ 52 € par jour. Les IJ sont versées tous les 14 jours et sont soumises à la CSG/CRDS et à l'impôt sur le revenu.

Le maintien de salaire par l'employeur

En complément des IJ, l'employeur est tenu de maintenir une partie du salaire selon les dispositions de la convention collective ou, à défaut, de la loi. Après un an d'ancienneté, le Code du travail prévoit un maintien à 90 % du salaire brut pendant 30 jours, puis à 66,66 % pendant les 30 jours suivants. De nombreuses conventions collectives prévoient un maintien plus avantageux (100 % dès le premier jour, durée prolongée). La prévoyance d'entreprise peut compléter ces garanties au-delà des obligations légales.

L'affection de longue durée (ALD)

Certaines maladies graves sont reconnues comme affections de longue durée (ALD) par l'Assurance maladie. Le patient en ALD bénéficie d'une prise en charge à 100 % par la Sécurité sociale pour les soins liés à sa pathologie (pas de reste à charge sur les consultations, examens et traitements en rapport avec l'ALD). La durée maximale de versement des IJ est prolongée à 3 ans (au lieu de 360 jours sur 3 ans pour les maladies non ALD). La liste des ALD comprend 30 affections (cancer, diabète, AVC, maladie de Parkinson, etc.).

Protection de l'emploi pendant l'arrêt

L'arrêt maladie suspend le contrat de travail mais ne le rompt pas. L'employeur ne peut pas licencier un salarié en raison de son état de santé (discrimination). Cependant, un licenciement reste possible si l'absence prolongée désorganise l'entreprise et nécessite un remplacement définitif, ou pour un motif économique sans lien avec l'arrêt. La convention collective peut prévoir une clause de garantie d'emploi fixant une durée pendant laquelle le licenciement pour absence prolongée est interdit.

Le contrôle médical

L'Assurance maladie peut convoquer le salarié pour un contrôle médical à tout moment. Si le médecin-conseil estime que l'arrêt n'est plus justifié, il peut notifier une date de reprise anticipée. Le salarié dispose de 10 jours pour contester cette décision devant l'expert médical de sa caisse. L'employeur peut également mandater un médecin contrôleur pour vérifier le bien-fondé de l'arrêt. En cas d'absence injustifiée lors du contrôle, le versement des IJ peut être suspendu.

La visite de pré-reprise et de reprise

Pour tout arrêt de plus de 30 jours, une visite de reprise chez le médecin du travail est obligatoire dans les 8 jours suivant la reprise effective. Le médecin du travail vérifie l'aptitude du salarié à reprendre son poste et peut préconiser un aménagement (temps partiel thérapeutique, adaptation du poste). La visite de pré-reprise, demandée par le salarié, le médecin traitant ou le médecin-conseil pendant l'arrêt, permet d'anticiper les conditions de retour.

Le temps partiel thérapeutique

Le temps partiel thérapeutique (ou « mi-temps thérapeutique ») permet une reprise progressive du travail. Le salarié travaille à temps réduit et perçoit un salaire proportionnel complété par des IJ. Ce dispositif nécessite l'accord du médecin traitant, du médecin-conseil de la CPAM et de l'employeur. La durée maximale est d'un an pour les maladies non ALD et de 4 ans en ALD. C'est un outil efficace pour faciliter le retour à l'emploi après un arrêt prolongé.

Se faire accompagner

Un arrêt maladie longue durée soulève des questions complexes en matière de protection sociale, de maintien de revenus et de droit du travail. Un conseiller en protection sociale analyse votre couverture, identifie les compléments de prévoyance disponibles et vous aide à faire valoir vos droits. Sur Finalib, trouvez un expert pour optimiser votre protection en cas d'arrêt prolongé.